Čini se kao da dođe do nekog zagušenja. Možda je bug pošto je u prijašnjim verzijama sve radilo normalno.
Probajte skinut najnoviji snapshot (i klijent i server) pa pogledajte da li se ponavlja - http://mojang.com/2011/12/15/minecraft-dev-snapshot-week-50/
Kud stavim server.jar? Jer korisim Server.exe, a server.jar nisam nigdje pronašao