Medicina

Virusno redizajniranje ljudske DNK: utjecaj herpesa na naš genom

📷 Doc/AI
Igor Berecki petak, 20. lipnja 2025. u 06:30

Herpes simplex virus tip 1 može u samo nekoliko sati temeljito preurediti arhitekturu ljudskog genoma, a ključnu ulogu u tom procesu ima enzim koji bi mogao postati nova meta antivirusne terapije

U beskonačnoj dinamici između virusa i domaćina, herpes simplex virus tip 1 (HSV-1) oduvijek je igrao sofisticiranu igru, koja daleko nadilazi uobičajenu sliku o njemu kao uzročniku bezazlenih ranica na usnama. Ispod površine naizgled blage infekcije krije se patogeni uzročnik koji posjeduje izuzetno precizne molekularne mehanizme manipulacije domaćinskim stanicama, sposobne utjecati na samu jezgru stanične arhitekture.

Novi rezultati, objavljeni u časopisu Nature, ukazuju da HSV-1 ne samo da koristi domaćinske enzime i proteine za vlastitu replikaciju, već pritom aktivno remodulira trodimenzionalnu organizaciju ljudskog genoma. Ovo preuređenje nije površno ni pasivno; naprotiv, riječ je o brzom, sustavno koordiniranom procesu koji značajno utječe na konfiguraciju kromatina (DNK u kromosomima) i funkcioniranje jezgre. Virus na taj način stvara uvjete koji mu omogućuju nesmetano stvaranje svojih komponenti, istovremeno potiskujući normalne funkcije stanice domaćina.

Ovakva dinamika može se usporediti s radikalnim preuređenjem stambenog prostora: kao situacija u kojoj dolazak nepozvanog, ali izuzetno organiziranog gosta rezultira kompletnom reorganizacijom namještaja, uklanjanjem dotadašnjih funkcionalnih zona i uspostavom sasvim novih prioriteta u prostoru. Sav namještaj dotadašnjeg domaćina neželjeni gost zbije u sporedne kutove, a on se raširi po slobodnom prostoru i počne - da prostote - razmnožavati. U tuđoj kući.

Mikroskopija otkriva unutarnje preobrazbe

Upotrebom napredne super-rezolucijske mikroskopije i tzv. Hi-C tehnologije, istraživači su prvi put uspjeli detaljno snimiti trodimenzionalnu reorganizaciju ljudskog genoma pod utjecajem virusne infekcije. Ove metode omogućuju mapiranje prostornih interakcija unutar kromatina s izuzetnom preciznošću, čime se otkriva kako virusi mogu fizički restrukturirati nuklearni pejzaž stanice. Već u ranim satima nakon infekcije, stanice zaražene HSV-1 pokazuju dramatične promjene u strukturi kromatina – DNK postaje zbijena i kompaktna, s gubitkom tipične genomske prostorne organizacije i funkcionalnih domena.

Ova kompaktna konfiguracija, koju istraživači slikovito nazivaju „kromatinskom kapitulacijom“, smanjuje volumen genoma i do 70%. Takva reorganizacija ne samo da potiskuje ekspresiju domaćinskih gena već i olakšava lokaliziranu virusnu replikaciju unutar specifičnih područja jezgre. Time se stvara mikrookruženje pogodno za brzo virusno umnažanje, pri čemu virus izbjegava imunološko prepoznavanje i istodobno sabotira stanične obrambene odgovore.

No ono što virus postiže nije tek nasumična destrukcija, već vrlo ciljano i orkestrirano preusmjeravanje ljudskih staničnih resursa. Ključnu ulogu u tom procesu ima enzim poznat kao topoizomeraza I. Riječ je o enzimu koji u normalnim okolnostima ublažava torzijske napetosti u DNK tijekom transkripcije i replikacije, čime omogućuje stabilan protok genetske informacije. Međutim, u prisustvu HSV-1, taj enzim postaje ključni saveznik virusa – njegova aktivnost omogućuje preuređenje kromatina na način koji favorizira virusnu transkripciju i potiskuje domaćinsku gensku aktivnost.

U laboratorijskim uvjetima, kada je djelovanje topoizomeraze I farmakološki inhibirano specifičnim inhibitorima, virus gubi sposobnost reorganizacije kromatina i ne može formirati potrebne replikativne niše, dijelove jezgre u kojima se odvija replikacija virusa. Inhibicija topoizomeraze I uzrokuje da - umjesto zbijenog, inaktiviranog genoma s nišama u  kojima se umnožava virus - ljudska DNK ostaje raširena i aktivna, a virus se više ne uspijeva replicirati.

Ovaj eksperimentalni uvid stavlja topoizomerazu I u središte potencijalne terapijske strategije, kojom se ne cilja izravno na virus, već na njegovu sposobnost manipuliranja staničnim mikrookruženjem i preuzmanja kontrole nad genomskom infrastrukturom domaćina. Takav pristup mogao bi imati dalekosežne implikacije za dizajn novih antivirusnih lijekova, osobito u kontekstu sojeva otpornih na standardne terapije.

Virusna tvornica i otimanje staničnih resursa

Posebno je zanimljivo da HSV-1 u svom djelovanju koristi i druge ključne stanične komponente kako bi proširio svoju infektivnu dominaciju unutar jezgre. Među prvima koje mobilizira nalaze se topoizomeraza I, RNA polimeraza II i protein kohezin, koji je esencijalan za održavanje trodimenzionalne strukture i mehaničke stabilnosti genoma. Ove molekule, koje inače služe za normalno funkcioniranje stanice, virus efektivno „otima“ i reprogramira za vlastite potrebe.

Prikaz prisutnosti virusne DNA u ljudskim stanicama, uspoređujući kontrolne (mock) stanice i stanice zaražene HSV-1 virusom (1, 3 i 8 sati) nakon infekcije. Gornji red prikazuje cijelu staničnu jezgru, a donji red pokazuje zumirane dijelove označene žutim okvirima. Boje označavaju gustoću DNA: tamnoplava predstavlja nisku, a bijela visoku gustoću. Vidljiva je progresivna promjena u rasporedu i gustoći DNA kako vrijeme od infekcije napreduje, što ukazuje na značajnu reorganizaciju genoma uzrokovanu virusom. 📷 (c) Nature Communications
Prikaz prisutnosti virusne DNA u ljudskim stanicama, uspoređujući kontrolne (mock) stanice i stanice zaražene HSV-1 virusom (1, 3 i 8 sati) nakon infekcije. Gornji red prikazuje cijelu staničnu jezgru, a donji red pokazuje zumirane dijelove označene žutim okvirima. Boje označavaju gustoću DNA: tamnoplava predstavlja nisku, a bijela visoku gustoću. Vidljiva je progresivna promjena u rasporedu i gustoći DNA kako vrijeme od infekcije napreduje, što ukazuje na značajnu reorganizaciju genoma uzrokovanu virusom. (c) Nature Communications

Virus koristi te komponente za izgradnju već spomenutih replikativnih niša – specijaliziranih područja unutar jezgre stanice gdje se odvija sinteza virusne DNK i virusnih proteina. U samo tri sata od infekcije, HSV-1 uspijeva usmjeriti navedene proteine s njihovih izvornih lokacija na genomu domaćina i regrutirati ih u službu virusne proizvodnje. Time se ljudski kromatin reorganizira tako da postaje funkcionalno neaktivan, dok se istodobno potiče ekskluzivna ekspresija virusnih gena. Posljedično, dolazi do dramatičnog pada opće stanične transkripcijske aktivnosti, čime se inhibira sinteza važnih obrambenih molekula poput interferona.

Iako se HSV-1 u javnosti obično doživljava kao relativno bezazlen virus – koji izaziva pojavu prolaznih, praktički bezazlenih ranica na koži i sluznici – nova saznanja pokazuju da njegova sposobnost preoblikovanja staničnih procesa nadilazi simptome vidljive golim okom. Na molekularnoj razini, virus djeluje poput agresivnog i vrlo preciznog regulatora, remeteći ravnotežu između domaćinske kontrole i virusne dominacije. Kod imunokompromitiranih bolesnika, novorođenčadi i osoba s neurološkim predispozicijama, posljedice mogu biti izrazito ozbiljne, uključujući upalu moždanih struktura (encefalitis) i posljedična trajna oštećenja središnjeg živčanog sustava.

Osim akutne faze infekcije, valja uzeti u obzir i latentnu fazu, tijekom koje virus ostaje prisutan u tijelu unutar živčanih ganglija. U tom stanju mirovanja, HSV-1 se povremeno reaktivira, pri čemu svaka nova epizoda može dodatno destabilizirati stanične procese, osobito ako imunološki sustav više nije u stanju pravovremeno reagirati. Takva kronična prisutnost virusa mogla bi imati dugoročne epigenetske i regulatorne učinke koji tek počinju dolaziti u fokus suvremene virologije.

Dugoročne posljedice i terapijski potencijal

Pitanje koje se otvara jest koliko takvih reaktivacija tijekom života ima kumulativni učinak na genomski integritet, epigenetske obrasce ili dugoročno stanično ponašanje. Budući da virus može u tako kratkom vremenu ovako temeljito preurediti genetski krajolik stanice, nije isključeno da čini mnogo više nego što je dosad pretpostavljano.

Posebno je važno sagledati širi kontekst sve veće učestalosti infekcija koje često prolaze bez jasnih ili vidljivih simptoma, ali koje ipak ostavljaju trajan molekularni trag unutar staničnih struktura. Takve subkliničke ili „tihe“ reaktivacije mogle bi kumulativno utjecati na stabilnost genoma, mijenjati epigenetske obrasce i dugoročno modulirati stanično ponašanje, što može imati implikacije na proces starenja, imunološki odgovor, te razvoj različitih kroničnih bolesti, uključujući neurodegenerativne poremećaje i karcinome.

S druge strane, ova nova saznanja otvaraju mogućnost razvoja lijekova koji neće nužno ciljati izravno virus i njegovu replikaciju, već će mu onemogućiti pristup staničnoj infrastrukturi potrebnoj za reorganizaciju genoma. Takav pristup, usmjeren na zaštitu i očuvanje staničnih sustava koje virus koristi kao svoje oružje, predstavlja paradigmatsku promjenu u antivirusnoj terapiji. Umjesto tradicionalne borbe protiv samog virusa, fokus se pomiče na očuvanje integriteta i funkcionalnosti domaćinskih stanica, čime se smanjuje mogućnost razvoja virusne otpornosti.

U eri rastuće otpornosti virusa na postojeće antivirusne lijekove, ova strategija nudi novi, potencijalno vrlo učinkovit smjer istraživanja i razvoja terapija, s velikim implikacijama za buduće preventivne i terapijske pristupe u kliničkoj praksi.

 - - -

 

Igor „Doc“ Berecki je pedijatar-intenzivist na Odjelu intenzivnog liječenja djece Klinike za pedijatriju KBC Osijek. Pobornik teorijske i praktične primjene medicine i znanosti temeljene na dokazima, opušta se upitno ne-stresnim aktivnostima: od pisanja znanstveno-popularnih tekstova u tiskanom i online-izdanju časopisâ BUG, crtkanja računalnih i old-school grafika i dizajna, zbrinjavanja pasa i mačaka, fejsbučkog blogiranja o životnim neistinama i medicinskim istinama, sve do kuhanja upitno probavljivih craft-piva i sasvim probavljivih jela, te neprobavljivog sviranja bluesa.