AMD-ovi akceleratori u superračunalu koje traži lijek za COVID-19
Superračunalo Corona sa svojih 4,5 PetaFLOPS-a ispituje sastav koronavirusa i traži mogući sastav antitijela ili antivirusa koji bi mogli spriječiti zarazu. AMD-ova donacija ubrzat će taj proces
U napore koji vode k zajedničkom cilju pronalaska uspješne terapije za pandemiju novog koronavirusa uključio se i AMD. Oni su Nacionalnom laboratoriju Lawrence Livermore u Kaliforniji donirali svoje računalne akceleratore iz obitelji Radeon Instinct.
Isti će biti instalirani u superračunala unutar COVID-19 HPC Konzorcija i udvostručiti im računalnu snagu na preko 4,5 PetaFLOPS-a. Pridodavanje AMD-ovih akceleratora značajno će skratiti vrijeme zahtjevnih molekularnih proračuna koji se provode ovoj instituciji, a koji za cilj imaju kako analizu samog virusa i načina na koji uništava stanice ljudskog organizma, tako i potencijalnih antitijela koja se mogu suprotstaviti virusu i stvoriti imunitet.
Superračunalo Corona (ali ne ta korona)
Ime superračunala koje će biti ubrzano ovim AMD-ovim rješenjem je – Corona. No, zanimljivo u ovoj priči jest što računalo nije dobilo ime nedavno, niti prema trenutačnim problemima u borbi s koronavirusom s kojima se bavi. Njegov proizvođač, Penguin Computers, tako ga je nazvao zbog pomrčine Sunca koja je bilo aktualna 2017. godine, a kada je započeto sa sklapanjem ovog sustava. Naziv je, dakle, došao od Sunčeve korone ali se, eto, dobro uklopio u današnju situaciju.
Donirani serverski akceleratori AMD Instinct MI50 optimizirani su za dubinsko učenje velikih razmjera. Konzorcij COVID-19 raspolaže sa sedam superračunala posvećenih borbi protiv novog virusa, a Corona će, opremljena ovim akceleratorima, biti najbrže od njih. Tim istraživača LLNL-a je koristio Coronu za procjenu terapijski dizajniranih antitijela koja bi mogla poboljšati interakcije vezivanja sa antigen proteinom virusa SARS-CoV-2.
Tim je smanjio listu kandidata za antitijela s gotovo beskonačnog skupa na oko 20 mogućnosti i počeo je s istraživanjem dodatnih dizajna antitijela.
Corona se također koristi za ispitivanje milijuna molekula koje bi mogle imati antivirusna svojstva u liječenju zaraze ovim virusom. Povećanje brzine i performansi superračunala omogućit će znanstvenicima dodatne, vrlo detaljne proračune molekularne dinamike kako bi bolje procijenili moguća ciljana mjesta na virusu SARS-CoV-2 za inhibitore molekula, a koje bi pak mogle spriječiti infekciju ili izliječiti COVID-19.
