Upravljanje softverom jedno je od područja u kojem se Linux bitno razlikuje od Windowsa, i gdje mnogi korisnici dožive najveći "kulturološki šok", iako se posljednjih godina ta razlika malo otopila, zbog Microsoft Storea. Umjesto pojedinačnih instalacijskih programa (.exe) ili eventualno .msi datoteka za Microsoftov alat za instaliranje, Linux primarno koristi centralizirane paketne sustave i repozitorije koje održava distribucija (repozitorije bismo možda mogli opisati kao skladišta ili knjižnice softvera, obično namijenjene za specifičnu verziju i/ili generaciju Linuxa, ako se radi o "sistemskim" repozitorijima). Taj pristup donosi sigurnost, transparentnost i dosljedna ažuriranja. To posebice može biti važno jer pojedini programi moraju biti prilagođeni nekim distribucijama, pa se održavatelji tih repozitorija pobrinu da programi koji se stavljaju u njih doista i funkcioniraju na konkretnoj distribuciji Linuxa.